Added demares study protocol

iacmac-web-tools · Sep 14, 2024 · 48460ee · 48460ee
1 parent bd6958a
commit 48460ee
Show file tree

Hide file tree

Showing 11 changed files with 15 additions and 3 deletions.
diff --git a/README.md b/README.md
@@ -2,4 +2,4 @@
 
 AntiMicrobial Resistance Cloud — это онлайн платформа для анализа и обмена данными антибиотикорезистентности
 
-Wed Apr  3 08:27:16 UTC 2024
+Sat Sep 14 12:37:28 UTC 2024
diff --git a/en/index.json b/en/index.json
diff --git a/en/index.xml b/en/index.xml
@@ -9668,6 +9668,8 @@ For example, laboratories can store their data in different files, or files from
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma genitalium&lt;/em&gt; is a common sexually transmitted pathogen in men and women.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma pneumoniae&lt;/em&gt; is an ‘atypical’ bacterial pathogen that causes lower respiratory infections, including pneumonia and tracheobronchitis, and less commonly, upper respiratory tract infections.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;This dataset presents the results of longitudinal surveillance study of mutational resistance to macrolides (mutations in domain V of the 23S rRNA gene) and fluoroquinolones (mutations in quinolone resistance-determining regions (QRDRs) of &lt;em&gt;gyrA&lt;/em&gt; and &lt;em&gt;parC&lt;/em&gt; genes) of &lt;em&gt;M. genitalium&lt;/em&gt; and &lt;em&gt;M. pneumoniae&lt;/em&gt;.&lt;/p&gt;
+&lt;p&gt;
+&lt;a href=&#34;./Protocol-DeMaRes-2.pdf&#34;&gt;Study protocol&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
 &lt;h3 id=&#34;sources-of-clinical-samples&#34;&gt;Sources of clinical samples&lt;/h3&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;M. genitalium&lt;/em&gt; PCR-positive urogenital samples (n=873) were collected in five regions of Russia: Moscow, Nizhny Novgorod, Saratov, Smolensk, and Tula, in 2009-2019.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;M. pneumoniae&lt;/em&gt; PCR-positive samples (n=1480) were collected in twelve regions of Russia: Bryansk, Khabarovsk, Krasnoyarsk, Mari El Republic, Moscow, Moscow Region, Nizhny Novgorod, Penza, Smolensk, Sverdlovsk, Tula, and Yaroslavl, in 2006-2020.&lt;/p&gt;

diff --git a/en/project/demares/Protocol-DeMaRes-2.pdf b/en/project/demares/Protocol-DeMaRes-2.pdf
diff --git a/en/project/demares/index.html b/en/project/demares/index.html
@@ -866,6 +866,8 @@ <h3 id="annotation">Annotation</h3>
 <p><em>Mycoplasma genitalium</em> is a common sexually transmitted pathogen in men and women.</p>
 <p><em>Mycoplasma pneumoniae</em> is an ‘atypical’ bacterial pathogen that causes lower respiratory infections, including pneumonia and tracheobronchitis, and less commonly, upper respiratory tract infections.</p>
 <p>This dataset presents the results of longitudinal surveillance study of mutational resistance to macrolides (mutations in domain V of the 23S rRNA gene) and fluoroquinolones (mutations in quinolone resistance-determining regions (QRDRs) of <em>gyrA</em> and <em>parC</em> genes) of <em>M. genitalium</em> and <em>M. pneumoniae</em>.</p>
+<p>
+<a href="./Protocol-DeMaRes-2.pdf">Study protocol</a></p>
 <h3 id="sources-of-clinical-samples">Sources of clinical samples</h3>
 <p><em>M. genitalium</em> PCR-positive urogenital samples (n=873) were collected in five regions of Russia: Moscow, Nizhny Novgorod, Saratov, Smolensk, and Tula, in 2009-2019.</p>
 <p><em>M. pneumoniae</em> PCR-positive samples (n=1480) were collected in twelve regions of Russia: Bryansk, Khabarovsk, Krasnoyarsk, Mari El Republic, Moscow, Moscow Region, Nizhny Novgorod, Penza, Smolensk, Sverdlovsk, Tula, and Yaroslavl, in 2006-2020.</p>

diff --git a/en/project/index.xml b/en/project/index.xml
@@ -119,6 +119,8 @@
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma genitalium&lt;/em&gt; is a common sexually transmitted pathogen in men and women.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma pneumoniae&lt;/em&gt; is an ‘atypical’ bacterial pathogen that causes lower respiratory infections, including pneumonia and tracheobronchitis, and less commonly, upper respiratory tract infections.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;This dataset presents the results of longitudinal surveillance study of mutational resistance to macrolides (mutations in domain V of the 23S rRNA gene) and fluoroquinolones (mutations in quinolone resistance-determining regions (QRDRs) of &lt;em&gt;gyrA&lt;/em&gt; and &lt;em&gt;parC&lt;/em&gt; genes) of &lt;em&gt;M. genitalium&lt;/em&gt; and &lt;em&gt;M. pneumoniae&lt;/em&gt;.&lt;/p&gt;
+&lt;p&gt;
+&lt;a href=&#34;./Protocol-DeMaRes-2.pdf&#34;&gt;Study protocol&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
 &lt;h3 id=&#34;sources-of-clinical-samples&#34;&gt;Sources of clinical samples&lt;/h3&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;M. genitalium&lt;/em&gt; PCR-positive urogenital samples (n=873) were collected in five regions of Russia: Moscow, Nizhny Novgorod, Saratov, Smolensk, and Tula, in 2009-2019.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;M. pneumoniae&lt;/em&gt; PCR-positive samples (n=1480) were collected in twelve regions of Russia: Bryansk, Khabarovsk, Krasnoyarsk, Mari El Republic, Moscow, Moscow Region, Nizhny Novgorod, Penza, Smolensk, Sverdlovsk, Tula, and Yaroslavl, in 2006-2020.&lt;/p&gt;

diff --git a/ru/index.json b/ru/index.json
diff --git a/ru/index.xml b/ru/index.xml
@@ -14161,6 +14161,8 @@ File**→** Save with Encoding **→** Windows-1251.
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma genitalium&lt;/em&gt; является одним из облигатных патогенов, и доказано вызывает уретриты у мужчин, цервициты и эндометриты у женщин, а также осложняет течение беременности и родов.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma pneumoniae&lt;/em&gt; - это «атипичный» бактериальный патоген, вызывающий инфекции нижних дыхательных путей, включая пневмонию и трахеобронхит, и, реже, инфекции верхних дыхательных путей. Эпидемиологической особенностью &lt;em&gt;M. pneumoniae&lt;/em&gt; является возможность вызывать вспышки в организованных коллективах с тесными контактами (в дошкольных, школьных и студенческих группах, у военнослужащих и др.), возможны семейные случаи инфекции.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;В данном исследовании представлены результаты анализа распространенности генетических детерминант резистентности к макролидам (мутации в домене V гена 23S рРНК) и фторхинолонам (мутации в областях, определяющих устойчивость к хинолонам (QRDR) генов &lt;em&gt;gyrA&lt;/em&gt; и &lt;em&gt;parC&lt;/em&gt;) &lt;em&gt;M. genitalium&lt;/em&gt; и &lt;em&gt;M. pneumoniae&lt;/em&gt;.&lt;/p&gt;
+&lt;p&gt;
+&lt;a href=&#34;./Protocol-DeMaRes-2.pdf&#34;&gt;Протокол исследования&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
 &lt;h3 id=&#34;источники-клинических-образцов&#34;&gt;Источники клинических образцов&lt;/h3&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma genitalium&lt;/em&gt; — положительные по результатам ПЦР образцы (n=873) из пяти городов России: Москвы, Нижнего Новгорода, Саратова, Смоленска и Тулы были собраны в период с 2009-2019 гг.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma pneumoniae&lt;/em&gt; — положительные по результатам ПЦР образцы (n=1480) из двенадцати городов России: Брянска, Екатеринбурга, Красноярска, Москвы и Московской области, Нижнего-Новгорода, Республики Марий Эл, Пензы, Смоленска, Тулы, Хабаровска и Ярославля были собраны в период с 2006-2020 гг.&lt;/p&gt;

diff --git a/ru/project/demares/Protocol-DeMaRes-2.pdf b/ru/project/demares/Protocol-DeMaRes-2.pdf
diff --git a/ru/project/demares/index.html b/ru/project/demares/index.html
@@ -871,6 +871,8 @@ <h3 id="аннотация">Аннотация</h3>
 <p><em>Mycoplasma genitalium</em> является одним из облигатных патогенов, и доказано вызывает уретриты у мужчин, цервициты и эндометриты у женщин, а также осложняет течение беременности и родов.</p>
 <p><em>Mycoplasma pneumoniae</em> - это «атипичный» бактериальный патоген, вызывающий инфекции нижних дыхательных путей, включая пневмонию и трахеобронхит, и, реже, инфекции верхних дыхательных путей. Эпидемиологической особенностью <em>M. pneumoniae</em> является возможность вызывать вспышки в организованных коллективах с тесными контактами (в дошкольных, школьных и студенческих группах, у военнослужащих и др.), возможны семейные случаи инфекции.</p>
 <p>В данном исследовании представлены результаты анализа распространенности генетических детерминант резистентности к макролидам (мутации в домене V гена 23S рРНК) и фторхинолонам (мутации в областях, определяющих устойчивость к хинолонам (QRDR) генов <em>gyrA</em> и <em>parC</em>) <em>M. genitalium</em> и <em>M. pneumoniae</em>.</p>
+<p>
+<a href="./Protocol-DeMaRes-2.pdf">Протокол исследования</a></p>
 <h3 id="источники-клинических-образцов">Источники клинических образцов</h3>
 <p><em>Mycoplasma genitalium</em> — положительные по результатам ПЦР образцы (n=873) из пяти городов России: Москвы, Нижнего Новгорода, Саратова, Смоленска и Тулы были собраны в период с 2009-2019 гг.</p>
 <p><em>Mycoplasma pneumoniae</em> — положительные по результатам ПЦР образцы (n=1480) из двенадцати городов России: Брянска, Екатеринбурга, Красноярска, Москвы и Московской области, Нижнего-Новгорода, Республики Марий Эл, Пензы, Смоленска, Тулы, Хабаровска и Ярославля были собраны в период с 2006-2020 гг.</p>

diff --git a/ru/project/index.xml b/ru/project/index.xml
@@ -231,6 +231,8 @@
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma genitalium&lt;/em&gt; является одним из облигатных патогенов, и доказано вызывает уретриты у мужчин, цервициты и эндометриты у женщин, а также осложняет течение беременности и родов.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma pneumoniae&lt;/em&gt; - это «атипичный» бактериальный патоген, вызывающий инфекции нижних дыхательных путей, включая пневмонию и трахеобронхит, и, реже, инфекции верхних дыхательных путей. Эпидемиологической особенностью &lt;em&gt;M. pneumoniae&lt;/em&gt; является возможность вызывать вспышки в организованных коллективах с тесными контактами (в дошкольных, школьных и студенческих группах, у военнослужащих и др.), возможны семейные случаи инфекции.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;В данном исследовании представлены результаты анализа распространенности генетических детерминант резистентности к макролидам (мутации в домене V гена 23S рРНК) и фторхинолонам (мутации в областях, определяющих устойчивость к хинолонам (QRDR) генов &lt;em&gt;gyrA&lt;/em&gt; и &lt;em&gt;parC&lt;/em&gt;) &lt;em&gt;M. genitalium&lt;/em&gt; и &lt;em&gt;M. pneumoniae&lt;/em&gt;.&lt;/p&gt;
+&lt;p&gt;
+&lt;a href=&#34;./Protocol-DeMaRes-2.pdf&#34;&gt;Протокол исследования&lt;/a&gt;&lt;/p&gt;
 &lt;h3 id=&#34;источники-клинических-образцов&#34;&gt;Источники клинических образцов&lt;/h3&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma genitalium&lt;/em&gt; — положительные по результатам ПЦР образцы (n=873) из пяти городов России: Москвы, Нижнего Новгорода, Саратова, Смоленска и Тулы были собраны в период с 2009-2019 гг.&lt;/p&gt;
 &lt;p&gt;&lt;em&gt;Mycoplasma pneumoniae&lt;/em&gt; — положительные по результатам ПЦР образцы (n=1480) из двенадцати городов России: Брянска, Екатеринбурга, Красноярска, Москвы и Московской области, Нижнего-Новгорода, Республики Марий Эл, Пензы, Смоленска, Тулы, Хабаровска и Ярославля были собраны в период с 2006-2020 гг.&lt;/p&gt;
Original file line number	Diff line number	Diff line change
Expand Up		@@ -2,4 +2,4 @@

		AntiMicrobial Resistance Cloud — это онлайн платформа для анализа и обмена данными антибиотикорезистентности

		Wed Apr 3 08:27:16 UTC 2024
		Sat Sep 14 12:37:28 UTC 2024