Bioinformática

Esse é o repositório do grupo de estudo de bioinformática ligado ao PyLadies Brasil, iremos armazenar os estudos, os modelos, outros arquivos relacionado a bioinformática. Inicialmente, estaremos utilizando a proposta da rosalind. Rosalind é um website que possui diversos problemas de Bioinformática para serem resolvidos usando programação. Os exercícios fornecem os dados de input e as instruções do que deve ser feito, o objetivo é usar a programação para retornar a resolução com output.

Objetivo do grupo: estimular mulheres que querem ingressar ou avançar na área de bioinformática, de modo a adquirir maior conhecimento sobre python e uso da informática para analisar e manipular dados biológicos.

Funcionamento do grupo:

• um exercício do site será escolhido
• cada integrante resolverá individualmente o problema com seu código em python e em sua casa.
• Após isso, as integrantes se reúnem uma vez, quinzenalmente, para discutir as diferentes formas de resolver um mesmo problema inicial utilizando programação: analisar diferentes métodos, bibliotecas, estruturas, etc.

Cronograma

Fase 1: 6 semanas

Exercícios	Tópico	Dia da Reunião
A - Counting DNA Nucleotides e Transcribing DNA into RNA	String Algorithms	10 out. 2020
B - Complementing a Strand of DNA e Computing GC Content	String Algorithms	24 out. 2020
C - Counting Point Mutations	Alignment
D - Rabbits and Recurrence Relations	Combinatorics
E - Mendel's First Law	Heredity
F - Finding a Motif in DNA	String Algorithms

Fase 2: 7 semanas

Exercícios	Tópico	Dia da Reunião
A - Overlap Graphs	Graph Algorithms
B - Mortal Fibonacci Rabbits	Combinatorics
C - Consensus and Profile	String Algorithms
D - Calculating Expected Offspring	Heredity
E - Finding a Protein Motif	Proteomics
F - RNA Splicing	String Algorithms
G - Calculating Protein Mass	Computacional Mass Spectrometry

Fase 3: 6 semanas

Exercícios	Tópico	Dia da Reunião
A - Open Reading Frames	Combinatorics
B - Independent Alleles	Heredity
C - Finding a Shared Motif	String Algorithms
D - Enumerating Gene Orders	Genome Rearrangements
E - Locating Restriction Sites	String Algorithms
F - Inferring mRNA from Protein	Combinatorics

Fase 4: 6 semanas

Exercícios	Tópico	Dia da Reunião
A - Perfect Matchings and RNA Secondary Structures	Combinatorics
B - Partial Permutations	Genome Rearrangements
C - Completing a Tree	Phylogeny
D - Introduction to Random Strings	Probability
E - Genome Assembly as Shortest Superstring	Genome Assembly
F - Finding a Spliced Motif	String Algorithms

Fase 5: 6 semanas

Exercícios	Tópico	Dia da Reunião
A - Transitions and Transversions	Alignment
B - Enumerating k-mers Lexicographically	String Algorithms
C - Longest Increasing Subsequence	Dynamic Programming
D - Enumerating Oriented Gene Orderings	Genome Rearrangements
E - Counting Phylogenetic Ancestors	Phylogeny
F - Maximum Matchings and RNA Secondary Structures	String Algorithms

Desenvolvedoras/Contribuintes

Lista do time responsável pela iniciativa

Pâmella Araújo Balcaçar	Thayana Tavares

Licença

The MIT License (MIT)

Comunicação

Canal do Slack: #brasil-pyladies-bioinformatica