| date | title | author |
|---|---|---|
2017-07-06 |
Ejemplo de flujo de trabajo |
Joshua Haase |
El objetivo de este proyecto es mostrar cómo se genera y se utiliza un flujo de trabajo en mk.
El módulo de analysis/001 genera redes de aracne y opcionalmente genera SIF.
Es conveniente ejecutar las redes en paralelo usando condor y la generación del SIF localmente en castillo.
# generar las redes
cd analysis/001
condor submit
# al terminar, generar el SIF
bin/target-sif | xargs mk
El módulo de analysis/002 es el que recién solicitó el revisor 2.
Un compañero lo publicó en github
El reporte que se va a entregar se encuentra en reporte/
y se puede generar desde esa carpeta usando mk:
cd reporte
mk -f reporte.pdf
El reporte requiere que las imágenes existan en analysis/002/results.
Las redes para generar los análisis se encuentran en /labs/taller/pipeline/data
Tenemos un paper en revisión en la carpeta .
Revisor 1 dice:
Corregir ortografía.
Revisor 2 dice:
Requerimos gráficas de la distribución de la Información Mutua para las redes de aracne en sus datos.
Hay que descargar el módulo para el segundo análisis y ejecutarlo de acuerdo a las instrucciones.
La información acerca del análisis se encuentra en analysis/README.md.