README-PL

Program kontyngent generuje tablice kontyngencji sekwencja/struktura. 

W oparciu o sekwencje AA i strukture 3D generuje motywy sekwencyjne oraz odpowiadajace tym samym fragmentom motywy strukturalne reprezentujace wczesne etapy fałdowania. 
Struktura opisana jest za pomoca alfabetu siedmioliterowego.

Znalezione motywy sa zliczane. Po przeanalizowaniu wszystkich danych bialek program zapisuje tablice kontyngencji reprezentujaca czestosci wystapienia okreslonej pary sekwencja struktura. 
Dla słow skladajacyhc sie z 4 liter dostepnych jest 7^4 = 2401 motywów strukturalnych, oraz 20^4 = 160000 motywow sekwencyjnych

Tabela kontyngencji zapisana jest w postaci katalogow ktorych nazmwy odpowiadaja 1 literze motywu sekwencyjnego. Wewnatrz katalogu znajduja sie pliki o nazwach odpowiadajacym calemu motywowi, np A/AAAA; A/ABAC itd.
W każdym pliku wypisane są motywy strukturalne ktorym odpowiada dany motyw sekwencyjny

Parametry uzycia:

out_file #nazwa pliku wynikowego

run_type:
define #definicja tablic
	CTtype:	
	normseq #tworzy TK wzgledem AA. Szuka motywow strukturalnych (wiersze) ktore odpowiadaja sekwencyjnym (kolumny) i wrzuca je do katalogow osobno dla kazdego AA
	normstr #tworzy TK wzgledem sekwencji strukturalnej. Szuka motywow sekwencyjnych (wiersze) ktore odpowiadaja strukturalnym (kolumny) i wrzuca je do katalogow osobno dla kazdej litery alfabetu strukturalnego
	inpseq_list #nazwa pliku z lista sekwencji
	inpseq_dir #nazwa katalogu z sekwencjami
	window 4 #szerokosc okna analizy sekwencji
	libaadir #nazwa katalogu dla tablicy AAvsSA - do utworzenia
	libsadir #nazwa katalogu dla tablicy SAvsAA - do utworzenia

analyze #analiza istniejacych tablic
	inform #obliczenia entropii informacji (dla run_type=analyze)
	se_cout [SE_AA-columns.dat] #pliki do zapisu entropii
	se_rout [SE_SA-rows.dat] 
	
	subbase: #tworzy podbazy na podstawie wczesniej zdefiniowanej TK (dla run_type=analyze)
	limit #redukcja wymiaru
	window 4 #szerokosc okna analizy sekwencji
		limit_row: 
		SAletters	#ilosc wystapien danej litery w motywie
		limit_col:	
		hydrophob	#ilosc wystapien aminokwasu hydrophob w motywie
	condseq #tablice warunkowe tworzone na podstawie tablicy zwyklej
		libaadir #nazwa katalogu dla tablicy AAvsSA - do utworzenia
		cctaadir # katalog do umieszcenia tablicy warunkowej