Skip to content

Latest commit

 

History

History
126 lines (104 loc) · 4.6 KB

INSTALL.md

File metadata and controls

126 lines (104 loc) · 4.6 KB
Raw

Informations internes

Quelques liens utiles sur Markdown

Quelques liens utiles sur Bookdown

Clef de références pour les chapitres :

Syntaxe:

  • déclaration: {#clef}
  • citation: \@ref(clef)
  • Chroniques de la non reproductibilité
  • 01_preambule.Rmd -> {#A-preambule}
    Préambule
  • 02_RR_kezako.Rmd -> {#A-introduction}
    Etat des Lieux
  • 03_vis_ma_vie.Rmd -> {#A-personas}
    Retours d'expériences
  • 04_questions_cauchemars_recurrents.md -> {#A-cauchermars}
    Symptômes d'une rechercher non reproductible
  • Sources de non reproductibilité
  • 05_acquisition_des_donnees.md -> {#B-data-acquisition}
    Acquisition de l'information
  • 06_aspects_computationnels.md -> {#B-code-aspect}
    Programmation et calcul
  • 07_donnees_d_entree.md -> {#B-data-input}
    Gestion des données
  • 08_aspects_computationnels.md -> {#B-code-aspect}
    Programmation et calcul
  • 09_donnees_de_sortie.md -> {#B-data-output}
    Communication des résultats
  • Solutions de la recherche reproductible
  • 10_introduction_partie_3.md -> {#C-intro}
    Le temps des changements ?
  • 11_collecte_des_donnees.md -> {#C-data-acquisition}
    Documenter ses pratiques
  • 12_format_des_donnees.md -> {#C-data-format}
    Formater et structurer l'information
  • 13.5_partage_et_archivage.md -> {#C-data-share}
    Partager ses données, codes et résultats
  • 13_outils_de_gestion_de_version.md -> {#C-versioning}
    Versionner, versionner, versionner
  • 14_apprendre_a_programmer.md -> {#C-code-learn}
    Appendre à programmer
  • 15_rendre_son_code_comprehensible.md -> {#C-code-good}
    Rendre son code compréhensible
  • 16_eviter_les_bugs.md -> {#C-code-bugs}
    Chasser les erreurs de programmation
  • 17_environnement_logiciel.md -> {#C-code-env}
    Identifier et partager son environnement logiciel
  • 18_licence_et_privacy.md -> {#C-licences}
    Sortez couverts!
  • 19_annexes.md -> {#D-appendix}
  • 20_Conventions_ecriture.md -> {#D-convention}

Pour compiler le bookdown

Normalement, ce livre est automatiquement compilé et disponible ici. Build Status

Ce document a été rédigé à l'aide de bookdown.

Le paquet bookdown peut s'installer à partir de CRAN ou de Github:

install.packages("bookdown")
# or the development version
# devtools::install_github("rstudio/bookdown")

Pour compiler ce document il est également nécessaire d'avoir pandoc, pandoc-citeproc et une installation latex récente (vous pouvez jeter un oeil à tinytex.

Le document est entièremnt rédigé en markdown (nous n'avions pas besoin d'éxécuter du code R, ce pourquoi bookdown est originellement conçu). Néenmoins, pour conserver la prévisualisation de github, nous avons conservé l'extension .md plutôt que .Rmd. Les liens symboliques avec l'extension .Rmd nécessaires sont créés automatiquement par make qui appelle plusieurs scripts qui s'occupent de corriger tout un tas de petites choses au niveau de la bibliographie, du HTML, du LaTeX...

La meilleur façon de compiler ce livre est donc d'exécuter la commande suivante dans votre terminal :

make

Pour compiler ce livre au format html, il vous suffit de faire:

make html

ou bien en R:

rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::gitbook', encoding = 'UTF-8')

Pour compiler ce livre au format pdf, il vous suffit de faire:

make pdf

ou bien en R (ou presque...):

rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::pdf_book', encoding = 'UTF-8')