aihemäärittelyn tunkkausta

Author: rahcola

doc/aihemaarittely.tex

@@ -114,9 +114,6 @@
 \frontmatter      % roman page numbering for front matter
 
 \maketitle        % title page
-\makeabstract     % abstract page
-
-\tableofcontents  % table of contents
 
 % --- Main matter ---
 
@@ -132,27 +129,23 @@ \section{De Bruijn verkko}
 1\) ensimmäistä merkkiä. Tällöin kaaren merkkijono on lähtösolmun merkkijono
 jatkettuna maalisolmun viimeisellä merkillä.
 
-Bioinformatiikassa kiinnostavia ovat De Bruijn verkkojen aliverkot joissa ovat
-mukana vain ne solmut ja kaaret joiden merkkijonot esiintyvät osamerkkijonoina
-syötemerkkijonossa. Niitä käytetään erityisesti \textit{de novo} kokoonpanossa
-jossa useista sekvensoiduista DNA pätkistä muodostetaan De Bruijn verkko jonka
-ominaisuuksia hyödyntäen pyritään selvittämään sekvensoinnin kohteena ollut
-DNA. Koska syötemerkkijonot voivat olla kymmeniä miljoonia merkkejä pitkiä ja
-kiinnostavat De Bruijn verkon asteluvut 20 molemmin puolin, on verkon tehokas
-esittäminen tärkeää.
-
-Tutkielmassa käydään läpi eri De Bruijn verkkojen esittämiseen kehitettyjä
-tietorakenteita ja vertaillaan niiden tila- ja aikatehokkuutta. Vertailun
-kohteena ovat myös tietorakenteiden rakentamiseen tarvittavat algoritmit ja
-niiden tarjoamat operaatiot.
-
-Tutkielman yhteydessä myös toteutetaan Välimäen ja Rivalsin esittelemä
-Burrows-Wheeler muunnokseen pohjautuva tietorakenne ja pyritään laajentamaan
-sitä tukemaan värjäystä. Värjätyssä De Bruijn verkossa syötemerkkijono koostuu
-useasta osasyötteestä ja jokaiseen solmuun on liitetty tieto siitä kuinka
-monta kertaa kyseisen solmun merkkijono esiintyy missäkin osasyötteessä.
-Värjäyksestä on hyötyä \textit{do novo} kokoonpanossa ja muissa De Bruijn
-verkkoa hyödyntävissä bioinformatiikan menetelmissä.
+Eräs De Bruijn verkkojen sovellus on bioinformatiikassa suoritettava DNA
+järjestyksien \textit{de novo} yhdistäminen \cite{iduryramanawaterman1995}.
+Siinä yhdistettävien DNA järjestyksien kaikki \(k\):n mittaiset
+alimerkkijonot, k-grammit, tulkitaan asteluvun \(k\) De Bruijn verkon
+aliverkkona. Tässä verkossa kaaret edustavat \(k - 1\) mittaisia
+päällekkäisyyksiä k-grammeissa ja täten myös yhdistettävissä DNA
+järjestyksissä.
+
+Koska De Bruijn verkon solmujen määrä kasvaa eksponentiaalisesti asteluvun
+kasvaessa, ja \textit{do novo} yhdistämissessä käytetyt De Bruijn verkot ovat
+asteeltaan 20 tietämillä, tarvitaan verkon esittämiseen muistinkäytöltään
+tehokkaita tietorakenteita. Tutkielmassa käydään läpi eri De Bruijn verkkojen
+esittämiseen kehitettyjä tietorakenteita ???.
+
+Tutkielman yhteydessä myös toteutetaan Välimäen ja Rivalsin
+\cite{rivalvalimaki2013} esittelemä Burrows-Wheeler muunnokseen pohjautuva
+tietorakenne.
 
 % --- References ---
 %
@@ -164,7 +157,7 @@ \section{De Bruijn verkko}
 %
 % instead.
 
-\bibliographystyle{babplain-lf}
+\bibliographystyle{babalpha-lf}
 \bibliography{viitteet}
 
 
@@ -174,7 +167,7 @@ \section{De Bruijn verkko}
 
 % \newpage
 % \appendix
-% 
+%
 % \section{Esimerkkiliite}
 
 \end{document}

doc/viitteet.bib

@@ -1,8 +1,18 @@
-@book{esimerkki,
-  title = {Graph Theory},
-  author = {Reinhard Diestel},
-  publisher = {Springer},
-  year = {2005},
-  address = {Berliini},
-  edition = {3.}
+@incollection{rivalvalimaki2013,
+  title={Scalable and versatile k-mer indexing for high-throughput sequencing data},
+  author={V{\"a}lim{\"a}ki, Niko and Rivals, Eric},
+  booktitle={Bioinformatics Research and Applications},
+  pages={237--248},
+  year={2013},
+  publisher={Springer}
+}
+
+@article{iduryramanawaterman1995,
+  title={A new algorithm for DNA sequence assembly},
+  author={Idury, Ramana M and Waterman, Michael S},
+  journal={Journal of computational biology},
+  volume={2},
+  number={2},
+  pages={291--306},
+  year={1995}
 }