main.nf

#!/usr/bin/env nextflow
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    nf-core/mag
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    Github : https://github.com/nf-core/mag
    Website: https://nf-co.re/mag
    Slack  : https://nfcore.slack.com/channels/mag
----------------------------------------------------------------------------------------
*/

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    IMPORT FUNCTIONS / MODULES / SUBWORKFLOWS / WORKFLOWS
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

include { MAG                     } from './workflows/mag'
include { PIPELINE_INITIALISATION } from './subworkflows/local/utils_nfcore_mag_pipeline'
include { PIPELINE_COMPLETION     } from './subworkflows/local/utils_nfcore_mag_pipeline'
include { getGenomeAttribute      } from './subworkflows/local/utils_nfcore_mag_pipeline'

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    GENOME PARAMETER VALUES
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

// TODO nf-core: Remove this line if you don't need a FASTA file [TODO: try and test using for --host_fasta and --host_genome]
//   This is an example of how to use getGenomeAttribute() to fetch parameters
//   from igenomes.config using `--genome`
// params.fasta = WorkflowMain.getGenomeAttribute(params, 'fasta')

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    NAMED WORKFLOWS FOR PIPELINE
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

//
// WORKFLOW: Run main analysis pipeline depending on type of input
//
workflow NFCORE_MAG {

    take:
        raw_short_reads  // channel: samplesheet read in from --input
        raw_long_reads
        input_assemblies

    main:

    //
    // WORKFLOW: Run pipeline
    //
    MAG (
        raw_short_reads,  // channel: samplesheet read in from --input
        raw_long_reads,
        input_assemblies
    )
    emit:
    multiqc_report = MAG.out.multiqc_report // channel: /path/to/multiqc_report.html
}
/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    RUN MAIN WORKFLOW
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/

workflow {

    main:
    //
    // SUBWORKFLOW: Run initialisation tasks
    //
    PIPELINE_INITIALISATION (
        params.version,
        params.validate_params,
        params.monochrome_logs,
        args,
        params.outdir,
        params.input
    )

    //
    // WORKFLOW: Run main workflow
    //
    NFCORE_MAG (
        PIPELINE_INITIALISATION.out.raw_short_reads,
        PIPELINE_INITIALISATION.out.raw_long_reads,
        PIPELINE_INITIALISATION.out.input_assemblies
    )
    //
    // SUBWORKFLOW: Run completion tasks
    //
    PIPELINE_COMPLETION (
        params.email,
        params.email_on_fail,
        params.plaintext_email,
        params.outdir,
        params.monochrome_logs,
        params.hook_url,
        NFCORE_MAG.out.multiqc_report
    )
}

/*
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
    THE END
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
*/