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title: "rBAS使用文档"
author: "王江宇"
date: "`r Sys.Date()`"
documentclass: ctexbook
bibliography: [book.bib, packages.bib,article.bib]
biblio-style: apalike
link-citations: yes
colorlinks: yes
lot: yes
lof: yes
geometry: [b5paper, tmargin=2.5cm, bmargin=2.5cm, lmargin=3.5cm, rmargin=2.5cm]
site: bookdown::bookdown_site
description: "rBAS中文使用说明文档V0.2"
github-repo: jywang2016/rBAS
always_allow_html: yes
#cover-image: images/cover.jpg
rmd_files: ["index.Rmd","00-author.Rmd","01-install.Rmd","02-algorithm.Rmd","02-mixalgorithm.Rmd","03-rBAS.Rmd","04-interface.Rmd","05-examples.Rmd","05-examples2.Rmd","06-updates.Rmd","06-paper.Rmd","06-matlabr.Rmd","06-matlabpython.Rmd","07-hmm.Rmd","08-references.Rmd"]
---
\mainmatter
```{r setup, include=FALSE}
# 填上你需要用到的包,如 c('ggplot2', 'dplyr')
# lapply(c('kableExtra','numDeriv'), function(pkg) {
# if (system.file(package = pkg) == '') install.packages(pkg)
# })
```
# 前言 {-}
## 手册内容概述 {-}
本手册是为了大家更好地使用**rBAS**\index{rBAS} [@R-rBAS]包而撰写,内容如下:
- 第 \@ref(install) 章介绍了如何安装`R`语言的环境,来使用`rBAS`包。不用担心,`R`的语法很简单,各种功能是按照自身的需要安装各种`packages`,所以比`matlab`体积更小,入门时间成本也较低。**哪怕你无意于`R`的学习,也可以看看本手册的原理篇(第 \@ref(algorithm) 章),应用篇(第\@ref(examples)章)以及后续的更新计划(第 \@ref(updates) 章),来了解算法的原理,出现了哪些变种,以及有着什么样的工程应用**。
- 第 \@ref(algorithm) 章介绍了**BAS算法**以及在其基础上出现的各种**改进算法**的**原理**,当然,随着算法的不断改进和发展,这个文档还需要随之不断更新。
- 第 \@ref(mixedalgorithm) 章中介绍了BAS与其他算法结合的算法。目前收录的有,王糖糖同学提供的BSO,即BAS和PSO的结合。`rBAS`包也提供了这些算法的实现与调用。
- 第 \@ref(rBAS) 章讲述了如何在`R`中使用`rBAS`包**调用收录的算法的对应函数**,以及一些简单的**案例**(大部分是`BAS`相关文献中的算例和`benchmark functions`)。每一句出现的代码我都会尽我所能去注释,让大家了解每一步的意义,以及`R`的简单易用。我也希望,自己的语言能尽力通俗,对于其他工具的使用者来说。
- 第 \@ref(interface) 章介绍了`rBAS`中的用户界面的调用,以及运行。
- 第 \@ref(examples) 章主要介绍的是BAS及变体算法**在多杆机构优化中的应用**,由群友莫小娟同学提供。
- 第 \@ref(examples2) 章主要介绍的是BAS及变体算法**在龙门起重机控制优化中的应用**,由群友李晓晓同学提供。
- 第 \@ref(python) 章主要介绍吴会欢同学提供的python接口,目前有基本的BAS,以及三个测试函数,后续会持续更新。
- 第 \@ref(paper) 章用于收录基于BAS及相关算法的工具箱,软件或者文献等等。
- 第 \@ref(parsTuning) 章会记录一些BAS算法的调参经验,或者存在不足的原因及后续的改进方向。
- 第 \@ref(updates) 章讲述了`rBAS`包的**开发和使用手册更新的计划**。因为算法总是会不断地推陈出新,所以`rBAS`包也必须和目前的研究保持一致。如果你有好的想法,可以看此章的内容,然后把自己的建议传达给我们。
>好了,冗长的章节介绍完毕。大家可以开始浏览正文了。
由于后续的案例中,会带有大量的动态图片。为了方便大家的浏览,强烈推荐在网页上阅读本手册,https://jywang2016.github.io/rBAS_documents/ 。此外,由于个人能力与时间有限,希望大家看到相关的BAS文章或者工作后,可以在 https://github.com/jywang2016/rBAS_documents/issues 上**写明文章的信息,应用的领域以及采用的是哪种BAS算法**,以此来帮助我的整理。十分感谢大家的帮助!
## 夹带私货 {-}
如果你对这本手册本身的撰写环境感兴趣的话,那我可能还要啰嗦两句。
*第一句*:照搬 [Yihui](http://yihui.name/) 的一句话:我用了两个 R 包编译这本书,分别是 **knitr**\index{knitr} [@xie2015] 和 **bookdown**\index{bookdown} [@R-bookdown]。
*第二句*:感谢 Yihui。嗯...,因为这个男人,R用户的读书笔记,文章,学位论文,个人网站等等都可以在R里面撰写或者开发。不得不感慨他的天才和对需求的把握。
## 致谢 {-}
感谢提倡者`李帅`老师,以及`姜向远`博士。他们是`BAS`的提出者,也在算法原理与改进上,给了我这个做暖通的门外汉以启发。
此外,还感谢`李晓晓`,`王甜甜`,`莫小娟`,`阮月`同学贡献自己的算法代码和应用案例,他(她)们改进了算法,并且让其应用部分变得更加丰富。
感谢`吴会欢`同学提供了`python`的接口,虽然目前只有基本的BAS,但后续会更加完善。
当然,还得感谢Yihui的`bookdown`。
老实讲,2018/07,也就是一个月以前,我刚开始用`R`编写这个算法,然后用在自己的建筑系统辨识研究中,没想到$\dots$ 所以,这个手册是比较仓促的产物,再加之自身关于优化算法理论水平较低,如果大家发现了本手册的各种问题,欢迎在QQ群(437958608)内留言,或者是在`rBAS`的 github上提出 [issues](https://github.com/jywang2016/rBAS/issues)。
总之,谢谢上述老师及同学,也谢谢未来给我提供问题或建议的同学,你们的帮助,让手册更加完善。
最后的最后,希望大家尽量用 https://jywang2016.github.io/rBAS_documents/ 来访问本手册,PDF不支持案例中的动态图片展示。
```{block2, type='flushright', html.tag='p'}
王江宇
2018/08/18
华中科技大学
```
```{r,echo=FALSE}
options(knitr.graphics.auto_pdf = TRUE)
```