Die beiden Aktionen »Verweis auf Sachanmerkung« (ref[note]) und »Link auf externe Webseite« (ref[URL]) legen identisch strukturierte XML-Elemente an, nämlich <ref target="URL oder Kommentar-ID">.
Meiner Meinung nach wäre es wünschenswert, die beiden Fälle im XML unterscheidbar zu kodieren – z.B. einfach durch ein @type-Attribut.
Ich denke, es ist in allen Anwendungsfällen so, dass diese zwei Fälle unterschiedlich weiterverarbeitet werden müssen – die externen URLs brauchen nicht prinzipiell verändert werden, aber die Kommentar-IDs müssen auf die eine oder andere Weise immer (?) prozessiert werden um zum Ziel zu führen. Deshalb hier der grundlegende Änderungsvorschlag – sonst hätte ich es einfach projektspezifisch angepasst.