cap-conceitos.tex

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\chapter{Conceitos}
\label{cap:conceitos}

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\section{Fundamentos}\index{área do trabalho!fundamentos}
\label{sec:fundamentos}

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\subsection{Ácidos Nucléicos}\index{ácido!nucléico}\index{nucleotídeos}
\label{sec:acidos_nucleicos}

Na Figura~\ref{fig:humanbeta} texto texto texto texto texto texto texto texto
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\begin{figure}[!h]
  \centering
  \includegraphics[width=.40\textwidth]{graph} 
  \caption{Descrição da figura mostrada.}
  \label{fig:humanbeta} 
\end{figure}

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\subsection{Aminoácidos}\index{ácido!amino|(}
\label{sec:amino_acidos}

Veja na Tabela \ref{tab:amino_acidos}...  texto texto texto texto texto texto
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\begin{table}[!t]
\begin{center}
    \begin{tabular}{c|c|l}
	 \hline
	 Código & Abreviatura & Nome completo \\ \hline
     \texttt{A} & Ala & Alanina \\
     \texttt{C} & Cys & Cisteína \\
     ...        & ... & ... \\
     \texttt{W} & Trp & Tiptofano \\
     \texttt{Y} & Tyr & Tirosina \\ \hline
    \end{tabular}
  \caption{Códigos, abreviaturas e nomes dos aminoácidos.}
  \label{tab:amino_acidos}
\end{center}
\end{table}
\index{ácido!amino|)}

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto
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\section{Exemplo de Código-Fonte em Java}
\label{sec:exemplo_codigo_fonte}
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% Foi utilizado o pacote listing para formatar código fonte
% http://ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/listings/listings.pdf
% Veja no preambulo do arquivo tese-exemplo.tex os parâmetros de configuração.

\begin{lstlisting}[frame=trbl]
    for(i = 0; i < 20; i++)
    {
        // Comentário 
        System.out.println("Mensagem...");
    }
\end{lstlisting}


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\section{Algumas Referências}
\label{sec:algumas_referencias}

É muito recomendável a utilização de arquivos \emph{bibtex} para o gerenciamento
de referências a trabalhos. Nesse sentido existem três plataformas gratuitas
que permitem a busca de referências acadêmicas em formato bib: 
\begin{itemize}
	\item \emph{CiteULike} (patrocinados por Springer): \url{www.citeulike.org}
	\item Coleção de bibliografia em Ciência da Computação: \url{liinwww.ira.uka.de/bibliography}
	\item Google acadêmico (habilitar bibtex nas preferências): \url{scholar.google.com.br}
\end{itemize}
Lamentavelmente, ainda não existe um mecanismo de verificação ou validação das
informações nessas plataformas. Portanto, é fortemente sugerido validar todas
as informações de tal forma que as entradas bib estejam corretas.  Também, tome
muito cuidado na padronização das referências bibliográficas: ou considere TODOS
os nomes dos autores por extenso, ou TODOS os nomes dos autores abreviados.
Evite misturas inapropriadas.

Exemplos de referências com a tag:
\begin{itemize}
\item @Book: \citep{JW82}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@Book{JW82,
 author   = {Richard A. Johnson and Dean W. Wichern},
 title    = {Applied Multivariate Statistical Analysis},
 publisher= {Prentice-Hall},
 year     = {1983}
}
\end{verbatim}}

\item @Article: \citep{MenaChalco08}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@Article{MenaChalco08,
 author   = {Jesús P. Mena-Chalco and Helaine Carrer and Yossi Zana and 
            Roberto M. Cesar-Jr.},
 title    = {Identification of protein coding regions using the modified 
            {G}abor-wavelet transform},
 journal  = {IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics},
 volume   = {5},
 pages    = {198-207},
 year     = {2008},
}
\end{verbatim}}

\item @InProceedings: \citep{alves03:simi}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@InProceedings{alves03:simi,
 author   = {Carlos E. R. Alves and Edson N. Cáceres and Frank Dehne and 
            Siang W. Song},
 title    = {A Parallel Wavefront Algorithm for Efficient Biological 
            Sequence Comparison},
 booktitle= {ICCSA '03: The 2003 International Conference on Computational Science
            and its Applications},
 year     = {2003},
 pages    = {249-258},
 month    = May,
 publisher= {Springer-Verlag}
}
\end{verbatim}}

\item @InCollection: \citep{bobaoglu93:concepts}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@InCollection{bobaoglu93:concepts,
 author   = {Ozalp Babaoglu and Keith Marzullo},
 title    = {Consistent Global States of Distributed Systems: Fundamental Concepts
            and Mechanisms},
 editor   = {Sape Mullender},
 booktitle= {Distributed Systems},
 edition  = {segunda},
 year     = {1993},
 pages    = {55-96}
}
\end{verbatim}}

\item @Conference: \citep{bronevetsky02}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@Conference{bronevetsky02,
 author   = {Greg Bronevetsky and Daniel Marques and Keshav Pingali and 
            Paul Stodghill},
 title    = {Automated application-level checkpointing of {MPI} programs},
 booktitle= {PPoPP '03: Proceedings of the 9th ACM SIGPLAN Symposium on Principles
            and Practice of Parallel Programming},
 year     = {2003},
 pages    = {84-89}
}
\end{verbatim}}

\item @PhdThesis: \citep{garcia01:PhD}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@PhdThesis{garcia01:PhD,
 author   = {Islene C. Garcia},
 title    = {Visões Progressivas de Computações Distribuídas},
 school   = {Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil},
 year     = {2001},
 month    = {Dezembro}
}
\end{verbatim}}

\item @MastersThesis: \citep{schmidt03:MSc}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@MastersThesis{schmidt03:MSc,
 author   = {Rodrigo M. Schmidt},
 title    = {Coleta de Lixo para Protocolos de \emph{Checkpointing}},
 school   = {Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil},
 year     = {2003},
 month    = Oct
}
\end{verbatim}}

\item @Techreport: \citep{alvisi99:analysisCIC}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@Techreport{alvisi99:analysisCIC,
 author   = {Lorenzo Alvisi and Elmootazbellah Elnozahy and Sriram S. Rao and
            Syed A. Husain and Asanka Del Mel},
 title    = {An Analysis of Comunication-Induced Checkpointing},
 institution= {Department of Computer Science, University of Texas at Austin},
 year     = {1999},
 number   = {TR-99-01},
 address  = {Austin, {USA}}
}
\end{verbatim}}

\item @Manual: \citep{CORBA:spec}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@Manual{CORBA:spec,
 title    = {{CORBA v3.0 Specification}},
 author   = {{Object Management Group}},
 month    = Jul,
 year     = {2002},
 note     = {{OMG Document 02-06-33}}
}
\end{verbatim}}

\item @Misc: \citep{gridftp}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@Misc{gridftp,
 author   = {William Allcock},
 title    = {{GridFTP} protocol specification. {Global Grid Forum}
            Recommendation ({GFD}.20)},
 year     = {2003}
}
\end{verbatim}}

\item @Misc: para referência a artigo online \citep{fowler04:designDead}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@Misc{fowler04:designDead,
 author   = {Martin Fowler},
 title    = {Is Design Dead?},
 year     = {2004},
 month    = May,
 note     = {Último acesso em 30/1/2010},
 howpublished= {\url{http://martinfowler.com/articles/designDead.html}},
}
\end{verbatim}}

\item @Misc: para referência a página web \citep{FSF:GNU-GPL}.
{\scriptsize\begin{verbatim}
@Misc{FSF:GNU-GPL,
 author   = {Free Software Foundation},
 title    = {GNU general public license},
 year     = {2007},
 note     = {Último acesso em 30/1/2010},
 howpublished= {\url{http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html}},
}
\end{verbatim}}

\end{itemize}