-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathconsest.aligned.fasta.nexus.std.ckp~
112 lines (109 loc) · 14.9 KB
/
consest.aligned.fasta.nexus.std.ckp~
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
#NEXUS
[ID: 5293708744]
[generation: 9998000]
begin trees;
translate
1 _007040a_0,
2 _007040a_3,
3 _007040a_9,
4 _007040a_14,
5 _007040a_25,
6 _007040a_41,
7 _007040a_52,
8 _007040a_59,
9 _007040a_79,
10 _007040a_86,
11 _007040a_98,
12 _007040a_110,
13 _007040a_115,
14 _007040a_121,
15 _007040a_128,
16 _007040a_144,
17 _007040a_155;
tree mcmc.tree_1 = (11:6.380996753982003e-02,(((16:5.235839708757956e-02,5:2.844367398232522e-02):7.993669136650536e-02,(((((15:3.481376013783555e-02,14:2.896933580674669e-02):3.395918192310127e-02,8:5.448671499353733e-02):9.793914783083559e-03,((((2:4.643717749454461e-02,10:1.967589059164830e-02):4.245597097664142e-02,6:3.136936747359865e-02):2.030759424943282e-03,(17:1.426341918552109e-02,9:1.405572104804452e-02):1.106650157433721e-02):2.786408799917635e-03,7:1.188958409260382e-03):7.366579651627523e-03):2.469866558879417e-03,13:6.182665572157097e-03):8.677016088152836e-04,(4:1.631036909507657e-02,3:1.172651133829933e-02):8.908953436708941e-03):5.427070067092839e-03):3.394885140621962e-02,12:6.627805827249236e-02):1.746850747206321e-02,1:1.282403790669964e-02);
tree mcmc.tree_2 = (8:2.217390001524033e-04,((12:1.698893121779682e-02,(17:3.424790737761903e-02,((((((6:4.434613140919582e-02,13:3.607707473978173e-03):1.694977918243175e-02,((4:2.592700642455854e-02,7:5.112126474203828e-03):7.549507562162102e-03,((14:1.633542195529140e-02,15:1.392156171644970e-01):4.658804453152261e-02,9:2.899396328083943e-03):3.333677924089097e-02):3.277805611111746e-02):3.656845957811353e-03,5:9.373618982458927e-03):6.320601723815824e-03,16:7.913118910372277e-02):1.296029836430586e-03,(2:3.093369254695651e-02,10:3.296706142426549e-02):3.490284413152386e-02):3.194741370010180e-02,3:2.244562751081312e-02):5.068116756100268e-03):5.868965624193625e-03):5.808298138933694e-03,11:2.027173151021242e-02):5.317475728571811e-02,1:8.669601928808211e-04);
tree mcmc.tree_3 = (11:4.691924506619063e-03,((((16:8.667032639282458e-02,5:3.849431461132826e-04):2.133761494314599e-02,7:1.863319284358416e-02):1.142792198749249e-02,(((15:3.311127572559317e-02,14:2.403877396886630e-02):3.982816009590643e-02,13:7.274603600377896e-02):5.308726999634649e-02,((9:1.255237728995620e-02,(6:6.546946249225907e-02,12:2.085076914414910e-02):2.532052274837111e-02):1.678955969770747e-03,((17:1.967752625234567e-04,(4:1.292101211084191e-02,8:3.023502318038592e-03):2.440314798706738e-02):1.840886788609761e-02,2:2.231559825972892e-02):9.306723291871698e-03):1.833623627480586e-02):4.145447241975966e-03):5.488044074005716e-03,(10:8.275198820116399e-03,3:1.562693975816126e-02):1.391499514848624e-02):2.214018895428057e-02,1:1.484648310604372e-02);
tree mcmc.tree_4 = (7:1.069560083307225e-02,(((11:1.961932417942638e-03,12:4.057610970740032e-02):3.094237099266327e-03,(2:2.244544274381442e-02,17:3.526916400881683e-03):3.449190673661797e-02):1.613873280228568e-02,(((((((13:1.999494094076859e-02,4:9.981346945074955e-02):1.541323695525120e-03,15:1.049475257328438e-01):6.097425431952866e-02,14:6.131901975247487e-03):3.825522392027755e-02,6:1.008742646235049e-01):8.552629538343619e-03,9:3.838327792983674e-02):2.372386719232291e-03,10:6.777501660777875e-02):1.028301574101621e-03,(8:1.537788853957381e-02,((16:2.224439729915460e-02,3:1.029131532815987e-02):2.297505518610609e-02,5:1.343063781040210e-02):5.487142382943867e-02):2.875639376953697e-02):8.322807579691449e-03):5.381302845908228e-03,1:5.515001386653318e-02);
tree mcmc.tree_5 = (((((10:3.960672372714976e-03,(((15:1.840061496899337e-02,14:2.120035437005474e-02):3.211789577561072e-02,9:6.796435260120199e-03):5.876649182906073e-02,(4:9.944483239887971e-03,(((16:3.313414416078718e-02,5:2.175910832551781e-03):2.921422477714101e-02,17:3.956237394878139e-02):2.896022134923348e-04,((3:9.555960639471754e-03,(13:3.466110668044413e-02,8:4.187757595424249e-03):1.470995304507869e-02):1.968455450109774e-02,7:2.545347908981472e-02):1.266744977373760e-02):2.503051079471291e-02):5.312706890954925e-03):2.625453824494336e-03):1.597066346657188e-03,11:1.822828830974109e-02):5.867019392505442e-03,6:5.000857832677804e-02):4.871268094783334e-03,12:6.273925703899944e-03):6.398389277233574e-04,2:1.067283848832992e-02,1:2.007656772810616e-02);
tree mcmc.tree_6 = ((17:1.281630483926430e-02,4:6.465235748253982e-02):1.290458926285676e-02,(2:8.876913195655521e-03,((((6:4.370338224341434e-02,9:1.239990740250562e-02):5.140401563639061e-02,((11:5.339111680266792e-04,(15:2.372856065621577e-02,(14:3.421735122925215e-02,3:8.741565730885080e-02):1.889518747608614e-03):4.425987915596195e-02):1.420609832564062e-03,(10:5.560868073382462e-04,(13:1.018316951793562e-02,(16:4.998129491906222e-02,5:7.604914641867092e-03):7.665503296989834e-02):4.815671773902069e-03):5.093333728359393e-02):1.602412970449418e-02):3.704522619741211e-05,(7:3.488916781747649e-03,8:3.829366714075046e-02):4.366165294600746e-02):1.096304490479174e-03,12:1.822900963277556e-02):5.096375177197104e-03):2.959256183877206e-02,1:3.138511489840407e-02);
tree mcmc.tree_7 = (6:1.720912099268471e-02,(9:8.229625009610890e-04,(11:1.920604299883540e-02,(((8:6.434973627174667e-03,(((17:2.355043679467392e-02,7:6.450117390195733e-04):3.487379927289001e-03,((4:2.861849601569631e-02,15:2.970703805939429e-03):3.830544149613253e-02,14:5.037188589960857e-02):8.081259660036240e-03):7.461068876858014e-03,(10:3.317003922232462e-03,(12:1.825769804621217e-02,(2:1.605327483203528e-02,(16:5.780177844550308e-02,5:2.970105272666439e-03):5.350881134178128e-02):2.723024751402604e-03):1.016882878581717e-02):1.773461474462523e-02):1.590293301842944e-02):9.328934860994684e-03,3:3.566185590102276e-02):1.279735363403556e-02,13:2.371636019313676e-02):2.312067102511107e-02):6.191860002969829e-04):1.888058495542188e-02,1:3.016330588306337e-02);
tree mcmc.tree_8 = (((((((3:7.254578997233570e-03,(((13:3.130083350348688e-02,4:8.844222993389793e-04):4.061412529795383e-02,16:9.116799218373232e-02):2.725620060580473e-02,5:6.703731285645725e-03):3.411145941102110e-03):4.342880761816695e-02,7:3.191641483088096e-02):3.215998715020554e-02,17:5.799611691373956e-02):1.836313272766985e-03,(2:2.264924086432589e-02,((8:2.830318662537487e-03,11:6.867653377057165e-02):1.937147777922795e-02,9:1.179704920345656e-02):4.544604063844269e-02):2.372175057415819e-03):6.697664732800626e-03,10:4.371901424999997e-03):2.231831662094590e-02,(15:2.086562699467541e-02,14:1.663312179387941e-02):3.396535866759114e-02):4.984560168103692e-03,(12:4.073210109778306e-02,6:1.548913689231510e-02):1.296388767578801e-02,1:2.756346519520872e-02);
tree mcmc.tree_9 = (7:1.612751172823369e-02,((11:3.127526027593003e-02,(5:6.290273564868812e-03,(16:5.957130512743848e-02,13:4.438994336635777e-02):4.865744743362363e-02):5.843257784582615e-02):1.903188027087826e-02,(2:2.620736786771496e-02,((((8:8.612339512451335e-04,17:5.932928550504571e-03):6.169020483654269e-03,10:2.242890888842390e-02):2.587532508875686e-03,(12:1.672490151365736e-04,9:1.731000213955004e-03):1.741983379140828e-02):1.139664902067218e-03,(3:1.570713767959935e-02,(((4:1.514145905936896e-02,15:1.545057580657865e-02):1.926440633995849e-02,14:7.833464140880415e-02):1.158954618350813e-02,6:1.325324674361964e-02):1.119644894823468e-02):2.604324687783440e-02):1.095953199186770e-02):1.693859631946280e-02):9.098126135495512e-03,1:3.602520810108768e-04);
tree mcmc.tree_10 = (10:5.677108950233162e-02,((7:3.702649942627346e-03,((14:1.010744506491923e-02,15:9.907094685532816e-02):1.655160463581797e-02,11:2.642478978666527e-02):2.617094984237385e-02):2.286126885070196e-03,(((4:6.080285381281976e-02,((3:1.051608567099743e-02,5:1.850631261729792e-02):1.235972326223233e-02,(16:2.042101619340340e-02,13:8.169056694702900e-03):5.538103560133571e-02):4.993898681797167e-02):8.629616705980038e-04,((8:1.493905582335263e-03,2:1.740608144806288e-02):1.189224047725379e-02,((9:9.294210826351110e-03,17:7.471147080364569e-03):5.570720388632364e-03,6:2.727735273266115e-02):1.236073957243807e-02):3.189910947002010e-02):5.075120634486564e-02,12:4.264552850994696e-03):1.950545048110101e-02):8.200645609229942e-03,1:1.015974878753118e-02);
tree mcmc.tree_11 = (11:7.077694524928995e-04,(((12:4.045462520769284e-03,((7:1.373412997922887e-02,((16:5.639605006264365e-02,5:5.381361131336933e-03):5.466270049693776e-02,(((((15:2.015442910995293e-02,14:8.055491057694689e-03):5.678984946518529e-02,(13:4.307914365692569e-03,4:7.549678549946451e-03):1.140349808223413e-03):1.152972783720186e-02,2:1.280477795119661e-02):7.818482570869860e-03,10:3.180637968109169e-02):1.127354600330783e-02,3:9.629156195595999e-03):2.489998688160147e-02):1.781982643347344e-03):9.479477482096437e-03,17:1.449745191365444e-02):2.565415621619045e-02):1.571809444815686e-03,(9:2.387979682427101e-02,6:4.575438984079108e-03):1.776452533949065e-02):1.944205927293599e-02,8:7.239502778464732e-03):9.682448135786153e-03,1:2.604843653789698e-03);
tree mcmc.tree_12 = ((11:2.876881755589292e-03,4:4.028469425890441e-02):9.516597178480699e-03,(((((3:2.573295480482907e-02,16:1.517667840849701e-02):1.131444383220890e-01,5:2.756626557443804e-02):9.713794144270932e-03,(6:2.511821462893283e-02,(10:4.531986014748909e-02,(17:3.207483790072638e-02,8:2.754790805791771e-03):2.364210544533998e-02):1.555016346930779e-03):1.199729942052078e-02):1.812214499666090e-02,(15:6.798462654067958e-02,14:5.512053948461550e-02):5.552988548560445e-02):4.201859975333678e-03,(((13:1.890798110284432e-02,7:2.624132678965578e-02):1.289662340263433e-02,9:1.052149893571888e-02):5.795901729621141e-02,(12:1.547353719444879e-04,2:2.121430202435051e-02):2.001239196348901e-02):8.639173836305681e-03):2.909818060000320e-03,1:8.709488247665008e-02);
tree mcmc.tree_13 = ((14:1.568807002598864e-02,(15:4.884572985696583e-02,4:6.106475583592431e-03):2.264695613014449e-02):8.055576223928822e-02,((17:1.562650782902607e-03,((((6:1.587285493226554e-02,(12:7.517370379218448e-03,(16:6.854459893880162e-02,5:1.496788681677042e-03):6.272371484838402e-02):3.122731258137231e-03):6.946872271108949e-03,9:4.612348427144531e-02):2.251600136525950e-02,((10:1.770984997601952e-02,3:2.165804267007389e-02):1.315688036814718e-02,((2:2.373869652259296e-02,11:1.535574071808523e-02):3.163813928566322e-02,7:2.447036484593718e-02):1.418230858595228e-02):6.950264066271399e-03):1.352852980195931e-02,8:7.888144866836951e-03):1.043181786754880e-02):1.070083286034028e-02,13:8.501144759165524e-05):1.139863602310057e-02,1:2.668890287707393e-04);
tree mcmc.tree_14 = ((14:1.450510801069367e-02,15:8.454257592456590e-03):6.492098241634202e-02,(((12:7.972891378449928e-04,(9:6.589890753853953e-03,((11:1.498045005153843e-02,((((10:1.697165913750291e-02,2:6.696085979251866e-02):6.347171245442625e-03,3:5.294395630683046e-03):2.018644878447541e-02,17:6.855208109405474e-02):2.687553331846458e-02,(4:1.001177865583034e-02,(13:1.062193755910837e-02,6:9.079984819427621e-03):5.073211713443528e-02):1.767697262557686e-02):8.652512614898022e-03):2.123446545928964e-03,(16:1.877170213738969e-01,5:6.611804639722395e-02):8.914248851294329e-02):2.820192927298223e-02):6.076086648191893e-03):2.931217423940729e-02,7:5.929343076074910e-03):6.705556503095397e-03,8:1.997303501744983e-02):9.780639253364194e-02,1:8.493971410120052e-03);
tree mcmc.tree_15 = (12:1.071483730418662e-02,(((7:3.817247899880103e-02,9:3.167372517155684e-03):1.329899645308673e-02,((17:6.148913760774423e-04,(10:4.852804611444364e-02,3:3.539367791344005e-02):8.982480240053624e-03):2.267117850024035e-02,(((4:5.150355771954246e-03,((8:3.775067110568547e-02,13:1.385063397977761e-02):4.122969609641948e-03,11:3.256308622130573e-02):6.726767256232454e-03):2.572857688392752e-02,2:4.609690663101542e-05):2.768729452993584e-02,(16:1.923255058930640e-01,5:2.363494826858822e-03):1.876498826677843e-01):1.762116490445771e-02):2.061929037337833e-02):2.364746874695207e-02,(6:4.310754026667833e-02,(14:1.453023351882506e-02,15:2.957528235271133e-02):1.280520242507062e-01):6.183499340615481e-03):2.105647169079103e-02,1:7.696500422027761e-04);
tree mcmc.tree_16 = ((((((((16:3.334851742876660e-02,13:1.086269668657618e-02):3.074408973020325e-03,5:5.003181425935392e-02):1.421453687373517e-02,8:1.132846324431961e-02):1.949344973790700e-03,(((14:2.570803401467529e-03,15:2.823964596045823e-02):1.403201693225962e-02,6:3.747446798656164e-02):1.918851638703479e-02,(4:5.542609090071380e-03,11:5.750836105453057e-03):2.716847951944037e-03):2.640019521294436e-03):2.881814143778917e-03,17:2.799468015040096e-03):1.628141836833511e-03,(9:3.211383596352438e-02,12:7.016459243370976e-03):5.035691310343803e-03):7.696875703604624e-04,(2:2.501468147943531e-02,(7:9.140448317396370e-03,3:6.734176711769634e-03):4.531656567465817e-03):2.467148447540697e-03):9.715889582247950e-03,10:7.015120486797219e-03,1:3.804845133288138e-03);
end;
begin mrbayes;
startvals
Tau(1,2)=mcmc.tree_1
Tau(1,3)=mcmc.tree_2
Tau(1,1)=mcmc.tree_3
Tau(1,4)=mcmc.tree_4
Tau(2,1)=mcmc.tree_5
Tau(2,4)=mcmc.tree_6
Tau(2,3)=mcmc.tree_7
Tau(2,2)=mcmc.tree_8
Tau(3,2)=mcmc.tree_9
Tau(3,1)=mcmc.tree_10
Tau(3,4)=mcmc.tree_11
Tau(3,3)=mcmc.tree_12
Tau(4,2)=mcmc.tree_13
Tau(4,4)=mcmc.tree_14
Tau(4,3)=mcmc.tree_15
Tau(4,1)=mcmc.tree_16
V(1,2)=mcmc.tree_1
V(1,3)=mcmc.tree_2
V(1,1)=mcmc.tree_3
V(1,4)=mcmc.tree_4
V(2,1)=mcmc.tree_5
V(2,4)=mcmc.tree_6
V(2,3)=mcmc.tree_7
V(2,2)=mcmc.tree_8
V(3,2)=mcmc.tree_9
V(3,1)=mcmc.tree_10
V(3,4)=mcmc.tree_11
V(3,3)=mcmc.tree_12
V(4,2)=mcmc.tree_13
V(4,4)=mcmc.tree_14
V(4,3)=mcmc.tree_15
V(4,1)=mcmc.tree_16
;
propset
Multiplier(V)$lambda(1,2)=1.263706623323980e+01
Multiplier(V)$lambda(1,3)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(1,1)=1.289235190515810e+01
Multiplier(V)$lambda(1,4)=1.263706623323980e+01
Multiplier(V)$lambda(2,1)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(2,4)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(2,3)=1.238683555631125e+01
Multiplier(V)$lambda(2,2)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(3,2)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(3,1)=1.238683555631125e+01
Multiplier(V)$lambda(3,4)=1.238683555631125e+01
Multiplier(V)$lambda(3,3)=1.341849876756830e+01
Multiplier(V)$lambda(4,2)=1.289235190515810e+01
Multiplier(V)$lambda(4,4)=1.263706623323980e+01
Multiplier(V)$lambda(4,3)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(4,1)=1.289235190515810e+01
TLMultiplier(V)$lambda(1,2)=2.964280266991493e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,3)=2.905583585014455e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,1)=3.179214837878809e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,4)=2.791654023056235e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,1)=3.085254839610635e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,4)=2.848049175213055e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,3)=2.934785185520866e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,2)=3.024162700599590e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,2)=3.116262166245960e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,1)=2.964280266991493e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,4)=2.791654023056235e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,3)=2.848049175213055e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,2)=2.964280266991492e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,4)=2.655503449756885e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,3)=2.791654023056235e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,1)=2.848049175213055e+00
;
end;