diff --git a/src/envo/Makefile b/src/envo/Makefile index 78d66880..205aa6e8 100644 --- a/src/envo/Makefile +++ b/src/envo/Makefile @@ -155,7 +155,7 @@ $(ONT).json: $(ONT)-full.owl # by default we use ELK to perform a reason-relax-reduce chain # after that we annotate the ontology with the release versionInfo -OTHER_SRC = +OTHER_SRC = robot_templates/nmdc_env_context_subset_membership.owl $(ONTOLOGYTERMS): $(SRC) $(OTHER_SRC) @@ -567,6 +567,19 @@ modules/%.obo: modules/%.owl modules/ebi_biomes.owl: modules/ebi_biomes.csv $(ROBOT) template --template $< -i imports/ro_import.owl -o $@.tmp.owl && mv $@.tmp.owl $@ +.PHONY: nmdc-robot-clean nmdc-robot-all + +nmdc-robot-clean: + rm -rf robot_templates/nmdc_env_context_subset_membership.owl + +nmdc-robot-all: nmdc-robot-clean robot_templates/nmdc_env_context_subset_membership.owl + +robot_templates/nmdc_env_context_subset_membership.owl: robot_templates/nmdc_env_context_subset_membership.tsv + # this TSV will be built with `make env-triad-robot-all` in https://github.com/microbiomedata/submission-schema + # which currently requires the latest envo.owl even if it is pre-release + $(ROBOT) template --template $< -o $@.tmp.owl && mv $@.tmp.owl $@ # why not just output to $@ ? + + envo-edit.csv: envo-edit.owl $(OWLTOOLS) $(USECAT) $< --merge-support-ontologies --export-table $@.tmp && cut -f1 $@.tmp | grep ENVO_ | perl -npe 's@https@http@' > $@ diff --git a/src/envo/catalog-v001.xml b/src/envo/catalog-v001.xml index 37b2e5c0..cd3ce334 100644 --- a/src/envo/catalog-v001.xml +++ b/src/envo/catalog-v001.xml @@ -26,5 +26,6 @@ + diff --git a/src/envo/envo-edit.owl b/src/envo/envo-edit.owl index 00287477..ca3a55bf 100644 --- a/src/envo/envo-edit.owl +++ b/src/envo/envo-edit.owl @@ -26,6 +26,7 @@ Import() Import() Import() Import() +Import() Import() Annotation( ) Annotation( ) @@ -4474,9 +4475,13 @@ Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) +Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) +Declaration(AnnotationProperty()) +Declaration(AnnotationProperty()) +Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) Declaration(AnnotationProperty()) @@ -4577,6 +4582,7 @@ AnnotationAssertion(rdfs:comment AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC Soil broad scale value set"@en) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) SubAnnotationPropertyOf( ) # Annotation Property: (NMDC Soil local scale value set) @@ -4585,6 +4591,7 @@ AnnotationAssertion(rdfs:comment AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC Soil local scale value set"@en) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) SubAnnotationPropertyOf( ) # Annotation Property: (NMDC Soil environmental medium value set) @@ -4593,14 +4600,21 @@ AnnotationAssertion(rdfs:comment AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC Soil environmental medium value set"@en) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) SubAnnotationPropertyOf( ) +# Annotation Property: (NMDC PlantAssociated value sets) + +AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC PlantAssociated value sets"@en) +SubAnnotationPropertyOf( ) + # Annotation Property: (NMDC Water broad scale value set) AnnotationAssertion(rdfs:comment "Used to annotate EnvO classes appropriate for the MIxS env_broad_scale field in water sample records. Supports consistent metadata annotation for systems like NCBI BioSample.") AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC Water broad scale value set"@en) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) SubAnnotationPropertyOf( ) # Annotation Property: (NMDC Water local scale value set) @@ -4609,6 +4623,7 @@ AnnotationAssertion(rdfs:comment AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC Water local scale value set"@en) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) SubAnnotationPropertyOf( ) # Annotation Property: (NMDC Water environmental medium value set) @@ -4617,8 +4632,36 @@ AnnotationAssertion(rdfs:comment AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC Water environmental medium value set"@en) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) SubAnnotationPropertyOf( ) +# Annotation Property: (NMDC PlantAssociated broad scale value set) + +AnnotationAssertion(rdfs:comment "Used to annotate EnvO classes appropriate for the MIxS env_broad_scale field in plant associated sample records. Supports consistent metadata annotation for systems like NCBI BioSample.") +AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC PlantAssociated broad scale value set"@en) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +SubAnnotationPropertyOf( ) + +# Annotation Property: (NMDC PlantAssociated local scale value set) + +AnnotationAssertion(rdfs:comment "Used to annotate EnvO classes appropriate for the MIxS env_local_scale field in plant associated sample records. Supports consistent metadata annotation for systems like NCBI BioSample.") +AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC PlantAssociated local scale value set"@en) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +SubAnnotationPropertyOf( ) + +# Annotation Property: (NMDC PlantAssociated environmental medium value set) + +AnnotationAssertion(rdfs:comment "Used to annotate EnvO classes appropriate for the MIxS env_medium field in plant associated sample records. Supports consistent metadata annotation for systems like NCBI BioSample.") +AnnotationAssertion(rdfs:label "NMDC PlantAssociated environmental medium value set"@en) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +AnnotationAssertion(rdfs:seeAlso ) +SubAnnotationPropertyOf( ) + # Annotation Property: (example of usage) AnnotationAssertion(rdfs:label "example of usage") @@ -14259,9 +14302,9 @@ SubClassOf( "Coastal sea water is sea water that is adjacent to a coast.") AnnotationAssertion( "coastal water") +AnnotationAssertion( "coastal seawater") AnnotationAssertion( "coastal ocean water") AnnotationAssertion( "coastal oceanic water") -AnnotationAssertion( "coastal seawater") AnnotationAssertion( ) AnnotationAssertion(rdfs:comment "The limits of what qualifies as \"adjacent to\" vary greatly. This should be defined on a data level and is left intentionally fuzzy here. The label is \"coastal sea water\" rather than \"coastal water\" as some large lakes are often said to have coasts.") AnnotationAssertion(rdfs:label "coastal sea water") diff --git a/src/envo/robot_templates/nmdc_env_context_subset_membership.owl b/src/envo/robot_templates/nmdc_env_context_subset_membership.owl new file mode 100644 index 00000000..758c68f0 --- /dev/null +++ b/src/envo/robot_templates/nmdc_env_context_subset_membership.owl @@ -0,0 +1,3984 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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ENVO:03605019 +ENVO:00002019 brackish water ENVO:03605019 +ENVO:00003044 brine ENVO:03605019 +ENVO:01001190 brown sea ice ENVO:03605019 +ENVO:03600081 cloud water ENVO:03605019 +ENVO:00002150 coastal sea water ENVO:03605019 +ENVO:01001514 congelation ice in a fresh water body ENVO:03605019 +ENVO:01001512 congelation sea ice ENVO:03605019 +ENVO:00002186 contaminated water ENVO:03605019 +ENVO:03600002 cooling water ENVO:03605019 +ENVO:06105269 desalinated water ENVO:03605019 +ENVO:00003065 distilled water ENVO:03605019 +ENVO:00002158 ditch water ENVO:03605019 +ENVO:00002159 drilling bore water ENVO:03605019 +ENVO:00003064 drinking water ENVO:03605019 +ENVO:03605001 epilithon ENVO:03605019 +ENVO:03605002 epipelon ENVO:03605019 +ENVO:03605003 epiphyton ENVO:03605019 +ENVO:03605004 epipsammon ENVO:03605019 +ENVO:03605005 epixylon ENVO:03605019 +ENVO:03000005 erosionally enriched glacial ice ENVO:03605019 +ENVO:03000025 erosionally enriched ice ENVO:03605019 +ENVO:01000301 estuarine water 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