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FROM perl:5.22
#FROM ubuntu:18.04
#FROM r-base
MAINTAINER Abdallah Eteleeb <[email protected]>
LABEL \
description="SV-HotSpot is a structural variant hotspots detection tool. \
It detects SVs and determine their effect on nearby gene expression \
using whole-genome sequencing data." \
version="1.0.0"
##########################################################################################
# Preparation
##########################################################################################
RUN apt-get update && apt-get install -y \
curl \
make \
wget \
cpanminus
RUN ["cpanm", "List::MoreUtils", "Data::Dumper" ]
##########################################################################################
# INSTALL R
##########################################################################################
RUN apt-get install -y r-base
##########################################################################################
# INSTALL R PACKAGES
##########################################################################################
RUN R -e "install.packages(c('peakPick', 'ggplot2', 'reshape2', 'gridExtra', 'plyr', 'gtable', 'ggsignif','RCircos', 'data.table'), \
repos='http://cran.us.r-project.org')"
##########################################################################################
# INSTALL bedtools v2.28.0
##########################################################################################
WORKDIR /usr/bin
RUN wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.28.0/bedtools-2.28.0.tar.gz
RUN tar -zxvf bedtools-2.28.0.tar.gz
WORKDIR /usr/bin/bedtools2
RUN make
RUN rm -f /usr/bin/bedtools-2.28.0.tar.gz
WORKDIR /usr/bin/
RUN cp bedtools2/bin/* /usr/bin/
##########################################################################################
###### SV-HotSpot
##########################################################################################
RUN curl -L https://sourceforge.net/projects/sv-hotspot/files/SV-HotSpot.1.0.0.tar.gz > /usr/bin/SV-HotSpot.tar.gz
RUN tar -xzf /usr/bin/SV-HotSpot.tar.gz -C /usr/bin/
### install sv-hotspot
WORKDIR /usr/bin
RUN /usr/bin/install.sh -o /usr/bin/
WORKDIR /usr/bin
#remove original files
RUN rm -f /usr/bin/SV-HotSpot.tar.gz
WORKDIR /opt/
COPY Dockerfile /opt/Docerfile
WORKDIR /usr/bin
RUN mv /usr/bin/sv-hotspot.pl /usr/bin/sv-hotspot
RUN mv /usr/bin/plot-peak.pl /usr/bin/plot-peak